Il trattamento farmacologico delle distonie focali si avvale di farmaci per via generale e farmaci ad azione localizzata. Tra i primi sono utilizzati gli anticolinergici (triesifenidile), gli antiepilettici ( valproato, gabapentin), gli antispastici ( baclofen, tizanidina, benzodiazepine), tutti farmaci gravati da effetti collaterali di una certa rilevanza.

Tra i farmaci ad azione locale la tossina botulinica, per l'efficacia e la relativa sicurezza di impiego rappresenta il trattamento di prima scelta nelle distonie focali, oltre che in altri disordini motori.

La tossina botulinica è una neurotossina prodotta dal Clostridium botulinum di cui esistono in natura 7 sierotipi: A, B, C, D, E, F, G. Bloccando la liberazione di acetilcolina dal terminale presinaptico attraverso la inattivazione di una proteina che regola l'esocitosi impedisce il rilascio di acetilcolina dalle vescicole sinaptiche e quindi blocca la trasmissione neuromuscolare.
Il grado della paralisi indotta dalla tossina botulinica dipende dalla dose, dal volume di diluizione e dalla diffusione, la durata di azione dipende dalla dose, dal sierotipo usato e dalle caratteristiche del muscolo inoculato ( più efficace per muscoli fasici). Spesso oltre all'indebolimento muscolare si ottiene una riduzione del dolore che generalmente precede la riduzione dello spasmo.
Tra gli effetti indesiderati loco-regionali, i più frequenti sono: per il blefarospasmo ptosi, diplopia, cheratite; per la distonia cervicale idiopatica difficoltà nella deglutizione; per la disfonia spasmodica: ipofonia e disfagia, per le distonie dell'arto superiore eccessiva debolezza della mano, neurite brachiale.
Tra gli effetti indesiderati sistemici i più frequenti sono: rash cutaneo diffuso, nausea, malessere generale, sindrome simil influenzale, modeste alterazioni delle risposte cardio-vascolari.
Trattamenti ripetuti possono dare luogo alla formazione di anticorpi circolanti anti tossina botulinica (il 3-5% dei pazienti trattati diventano non-responders) e a modificazioni strutturali delle unità motorie.
Queste ultime possono condizionare gli effetti del trattamento cronico con tossina botulinica, prolungandone o riducendone la durata, oppure richiedendo dosaggi maggiori o minori per ottenere gli stessi benefici.
L'uso continuativo di trattamento botulinico sembra evitare nelle distonie cervicali idiopatiche l'insorgenza di gravi alterazioni degenerative della colonna cervicale con le conseguenti sindromi compressive mielo-radicolari.
In generale il controllo maggiore del fenomeno distonico si ottiene con le prime inoculaziomi di tossina botulinica, in seguito a successive inoculazioni, anche a fine effetto, l'entità del fenomeno distonico può essere progressivamente minore rispetto alla situazione basale.
In queste fasi, benché ripetute inoculazioni continuino a produrre miglioramento dei sintomi, tuttavia l'effetto della singola infiltrazione è ridotto.